制备样品以进行TEM可视化

透射电镜下要观察的标本必须经过特殊的制备技术，以实现可视化和创建清晰的图像。

电子很容易被吸收，并且容易散布在固体元素上，显示出较厚的样品的可视性差。因此，非常薄的样本也可用于精确清晰的可视化，从而形成清晰的图像。标本应薄约20-100nm，直径应为0.025-0.1nm，与细菌细胞一样小。薄样品允许在真空空间中与电子相互作用，能够保持其固有结构。
为了获得薄片样品，shou先将样品与戊二醛或四氧化固定在塑料材料上。这些化学试剂稳定细胞的结构并保持其原创性。加入有机溶剂（如酒精）如乙醇会完全使细胞脱水，从而将标本嵌入塑料中。
然后通过加入未聚合的液态环氧塑料渗透样品，使其硬化成固体块状。在这里，可以使用玻璃刀和一台称为超薄切片机的特殊设备从薄板上切下薄片。
然后对样本进行适当的染色（适当的染色），以使电子均匀散射。然后将薄片浸入重金属元素（如柠檬酸铅和乙酸铀酰）中，使贫金属离子和铝离子结合到细胞结构上。这对电池结构上的电子形成不透明层，以增加对比度。
然后将染色的薄片安装在铜栅上以进行查看。
TEM下用于观察的主要染色技术是负染色和重金属元素涂层。金属涂层会散射电子，而电子会出现在照相胶片上，而未涂层的部分则用于研究细菌，病毒细胞的形态和结构。

为了减少伪影的可能危险，与化学固定，脱水和包埋不同，大多数样品都被污染了，冷冻痒特别用于微生物细胞的处理。